Aujourd'hui ces suivis sont de plus en plus effectués à l'aide de la photographie sous-marine. Les appareils modernes, dotés de capteurs Haute Définition (jusqu'à 40 millions de pixels), d'optiques de qualité, ainsi que de cartes mémoire de grande capacité (pratiquement sans limite de nombre de photos), permettent d'augmenter considérablement la quantité de données collectées au cours d'une sortie et d'obtenir ainsi des informations plus précises sur le milieu. L'extraction des données (pourcentages de recouvrement corallien, richesses en espèces, etc.) est réalisée en laboratoire sur les images digitales et non plus directement en plongée. L'autre avantage de la photographie est de pouvoir archiver les données, permettant de revenir sur les clichés pour compléter l'extraction d'informations ou comparer visuellement un fond marin d'une année de suivi à l'autre.
Les appareils photos modernes permettent également la prise de données automatique en séquence rapide, utilisée de plus en plus pour caractériser les habitats en 3 dimensions ; ce sont alors plusieurs milliers de photographies qui sont prises avec un effort de terrain minimum, puis analysées en laboratoire durant plusieurs heures par de puissants ordinateurs pour reconstituer l'image du récif en 3D (voir également article ci-contre).