L'objectif de ces suivis est de collecter de la donnée de terrain et de l'analyser afin de savoir si les réserves sont efficaces ou non dans la protection des habitats et de la ressource marine (poissons et invertébrés comestibles). La révision du PGEM, initiée en 2014, a abouti à une réglementation améliorée suite à une très large concertation des usagers du lagon et de la population de Moorea. Un nouveau document officialisé par le Pays en est ressorti en septembre 2021.
Bien que beaucoup de choses aient été modifiées dans le nouveau PGEM, les AMP restent pratiquement identiques dans leurs limites géographiques définies en 2004. Les suivis du CRIOBE subissent peu d'impacts et sont poursuivis en 2022 à la fin de la saison chaude pour la 19ème année consécutive.

Du récif frangeant à la pente externe
Sur le terrain, ce sont deux spécialistes des invertébrés marins (coraux, mollusques, échinodermes) et deux compteurs poissons qui interviennent tout autour de l'île. Les comptages s’effectuent toujours au moment de la pleine lune. Ils sont réalisés sur trois "transect-couloir" espacés de 25 m chacun à l’intérieur de chaque zone suivie.
Les zones choisies à l’intérieur de chaque AMP correspondent à trois habitats différents :
• la pente externe à -10 m de profondeur,
• le récif barrière à 200 m en retrait des brisants de la crête récifale
• la bordure du récif frangeant

La collecte des données est réalisée dans les 8 Aires Marines Protégées (ci-contre en noir), mais aussi dans 5 aires marines témoins (AMT, ci-contre en vert). Ceci permet
la comparaison dans le temps et l'espace entre les aires protégées et les aires ouvertes à la pêche. Au total ce sont 118 points qui sont ainsi relevés pendant deux semaines puis analysés pour en extraire les tendances.