Sur chaque station, les relevés concernent les peuplements de poissons, la couverture du substrat et les populations d’invertébrés benthiques.

Les transects (tr) sont disposés parallèlement au rivage ou à la crête récifale dans le lagon et sur la pente externe. Lorsque les contreforts de pente externe sont délimités par des vallons importants, les transects sont disposés en triangle sur un seul contrefort ( cas des AMP ou AMT de Pihaena, E2B, Tiahura, Aroa) avec tr2 parallèle (//) à la côte, tr3 sur la gauche en regardant la côte et tr1 sur la droite. Les transect sur pentes externes sont à -10 m sauf sur les zones contrefort de la côte nord (Pihaena, E2B, Tiahura, Aroa) ou les profondeurs de début et de fin de transect varient entre 7 et 12 m. Un point GPS sera fait au-dessus du tr2 pente externe et au premier piquet du tr2 dans le lagon (sauf sur AROA frangeant est où le point GPS est exceptionnellement au début du transect 1).
Les transects sont numérotés dans le lagon de 1 à 3, tr1 étant à droite en regardant la côte et les piquets référencés "premier piquets" étant toujours à droite des transects en regardant la côte.

Les comptages se font toujours après 8h et avant 16h30.

Une zone d'échantillonnage avec ses 3 réplicas. Les coordonnées GPS des AMP donnent le point de départ du transect du milieu (2) qui est déroulé de la gauche vers la droite en tournant le dos à la plage. Le transect (3) est ensuite déroulé 25m à droite du N°2, le transect 1 25 mètres à gauche du transect 2.

Fréquences des suivis
De 2004 à 2009 les comptages sur les mêmes stations ont été réalisés deux fois par an pendant deux ans à six mois d’intervalle pour cibler les mois de janvier-février (appelés saison chaude) et juillet-août (appelés saison froide), et toujours au moment de la pleine lune . A partir de 2010 les comptages ne sont réalisés qu’une fois par an à la saison chaude (janvier à mars).