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La méthode d’échantillonnage utilisée pour le suivi des poissons est la technique de transect-couloir : utilisation d’un couloir rectangulaire de 2m de large au centre duquel est placé un transect linéaire de 25m. L’aire délimitée par le couloir permet de dénombrer le nombre de poissons par m².

Les peuplements de poissons font l’objet de comptages totaux (toutes espèces, plus de 160 espèces différentes) sur les 3 stations dans chacune des zones déterminées. Chaque comptage est réalisé à distance fixe dans le couloir de 50m² , sur lequel les identifications et les estimations de la taille (en cm) de chaque individu sont effectuées. Les comptages permettent ainsi d’avoir un nombre moyen d’individu par 50 m2 pour chaque espèce dans chaque zone.