Le pourcentage de recouvrement des composants du substrat est estimé selon la méthode du Point Intercept Transect (PIT) réalisée sur une longueur de 25m avec des points de comptages espacés de 50 cm le long du transect. Le pourcentage de recouvrement est ensuite calculé en divisant le nombre de points correspondant à chacun des substrats par le nombre de points total le long du transect (50 par transect). La moyenne de recouvrement est ensuite calculée pour chaque zone.
Catégories de substrat
| CV | Corail vivant | Tous les coraux durs vivants y compris Millepora sp. Les genres sont notés. Les fragments cassés mais vivants (e.g. branches d'Acropora sp) supérieurs à 15 cm sont également notés. |
Les genres de coraux qui sont pris en compte sont les suivants : Acropora, Pocillopora, Astreopora, Cyphastrea, Favia, Fungia, Herpolitha, Leptastrea, Leptoseris, Lobophyllia, Millepora, Montastrea, Montipora, Pachyseris, Pavona, Porites, Psammocora, Sandalolitha. Lors des phénomènes de stress notable (e.g: blanchissement), les colonies malades seront répertoriées par un code distinctif.
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| CM | Corail mort | Les squelettes de coraux récemment morts (mort < 1 année) encore sur pied ou récemment cassé. Les structures des polypes doivent être encore visibles. Le recouvrement en algues doit être faible. |
| MA | Macroalgues | Toutes les algues non calcaires de grande taille facilement identifiable à la vue. On distingue les genres suivants : Turbinaria, Sargassum, Halimeda, Padina, Boodlea, Cyanophycées, Dictyota, Caulerpa, turf à Stegastes. |
| DA | Dalle | Tous les fonds durs et compacts même recouverts de gazon fin et courts (h<5 mm) ou d'algues encroûtantes. Les coraux morts depuis longtemps (plus de 1 an), sont inclus dans cette catégorie. |
| D | Débris coralliens | Tous les fragments coralliens durs et non fixés et n'ayant pas la forme d'une colonie entière (e.g. Fungia sp) compris entre 0,2 et 15 cm. |
| S | Sable | Sédiment dont les fragments sont de taille inférieure à 0,2 cm et qui ne restent pas en suspension lorsqu'on les remue. |
| V | Vase | Sédiment qui reste en suspension et assombrit la visibilité lorsqu'on le remue. |
| A | Autre | Tout autre organisme (anémones, coquillages, déchets, coraux mou...). |
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