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L'analyse des peuplements de poisson est réalisée selon trois transects-couloir de 5 m x 50 m, soit une surface projetée de 250 m2 chacun.

Les transects sont positionnés dans la zone de suivi des coraux. L'un est placé en superposition du site de relevés photographique corallien, les deux autres sont disposés à 25 m de part et d'autre sur le même isobathe. La numérotation des transects se fait de 1 à 3 de droite à gauche en regardant la côte quand les transects sont parallèles à la côte. C'est le cas pour tous les sites à l'exception de Samoa, Tiahura et Entre 2 Baies. Pour Tiahura et Entre 2 Baies, les transects s'effectuent sur les contreforts perpendiculairement à la côte et à Samoa autour d'un pinacle en numérotant de droite à gauche face au pinacle.